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Mellody pour recherche pharmaceutique

Réunis au sein du consortium Mellody, dix laboratoires pharmaceutiques s’associent pour améliorer la performance de prédiction de leurs algorithmes de modélisation de découverte de médicaments.

Dix laboratoires pharmaceutiques participent à un consortium de recherche impulsé par Janssen (groupe Johnson & Johnson) et coordonné par la start-up française Owkin. Baptisé Mellody (pour Machine Learning Ledger Orchestration for Drug Discovery), ce consortium se donne pour objectif de mieux exploiter, grâce à l’apprentissage automatisé, les chimiothèques de chaque industriel et d’améliorer leurs algorithmes prédictifs pour la découverte de nouveaux médicaments.

Mellody associe Amgen, Astellas, AstraZeneca, Bayer, Boehringer Ingelheim, GlaxoSmithKline (GSK), Janssen, Merck KGaA, Novartis et Servier. Outre la start-up Owkin, le consortium implique également deux universités, l’une à Louvain et l’autre à Budapest, la fondation Substra, la société allemande spécialisée dans le déploiement d’algorithmes Loodse et une autre start-up française, Iktos. 

Mellody vise donc à entraîner des modèles prédictifs sur des bases de données chimiques provenant de multiples partenaires mais en conservant l’indépendance de chaque base et la confidentialité des données qu’elles contiennent. Grâce à un serveur central, chaque partenaire a la possibilité de partager un modèle commun qui peut être consolidé collectivement. 

En fait, selon Mathieu Galtier, chef du projet Substra chez Owkin et en charge de Mellody, il ne s’agit pas exactement de trouver de nouveaux médicaments, mais « d’augmenter la performance de prédiction des algorithmes de modélisation de découverte de médicaments qui sont utilisés aujourd’hui par les laboratoires et dont une partie est commune ». 

On utilise ces algorithmes « prédicteurs » en phase préclinique pour optimiser la recherche de molécules candidates. Les membres de Mellody ne partageront pas les données mais une partie de leur modèle prédictif et le score d’amélioration final de celui-ci.

C’est l’Innovative Medicines Initiative (IMI) qui finance le projet à hauteur de 18,4 millions d’euros pour trois ans, jusqu’en 2022, les fonds provenant d’un partenariat public-privé entre le programme de recherche de l’Union européenne Horizon 2020 et la Fédération européenne des industries et associations pharmaceutiques (EFPIA). « Nous avons répondu à un appel d’offres lancé par l’IMI, explique Mathieu Galtier d’Owkin. L’alliance entre laboratoires pour construire ce projet avait déjà été mise en place au sein de l’EFPIA par Janssen. » Les start-up et les deux laboratoires de recherche recevront un financement européen de 8 millions d’euros. Quant aux dix laboratoires participants, ils se sont engagés à consacrer des ressources humaines au projet pour une valeur de 10 millions d’euros au total. 

La plateforme s’appuiera sur la technologie de blockchain (NDLR : technologie de stockage et de transmission d’informations, transparente, sécurisée, et fonctionnant sans organe central de contrôle) proposée par Substra, consortium piloté par Owkin, qui permet d’assurer une traçabilité des opérations grâce à un registre partagé entre les membres de Mellody, qui utilisera également le service d’hébergement sur le cloud d’Amazon Web Services.